วันที่ 4 กันยายน 2556 มูลนิธิ ซี.ซี.เอฟ. โดย รศ.ดร.วรากรณ์ สามโกเศศ ประธานกรรมการมูลนิธิ และ สำนักงานโครงการกองทุนการศึกษา โดย คุณสัญญา สุเรนทรานนท์ ผู้อำนวยการ ได้ร่วมลงนามบันทึกข้อตกลงความร่วมมือในการดำเนิน "โครงการพิเศษเฉลิมพระเกียรติ 60 พรรษา สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี" เพื่อให้การสนับสนุนสถานศึกษาในพื้นที่ห่างไกลทุรกันดาร ขาดแคลนงบประมาณ เพื่อสนับสนุนด้านการศึกษาหรืองบประมาณเพื่อพัฒนาระบบสาธารณูปโภค ให้ได้มีอุปกรณ์เพื่อการศึกษา อาคารสถานที่และภูมิทัศน์ที่เอื้ออำนวยต่อการศึกษา และระบบน้ำเพื่อการอุปโภค บริโภคที่ถูกต้องตามหลักสุขอนามัย โดยมี ฯพณฯ พลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ องคมนตรี/ประธานคณะกรรมการบริหารโครงการกองทุนการศึกษา ให้เกียรติเป็นประธาน 

พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว มีพระราชดำริเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ 2555 แก่ประธานองคมนตรี เพื่อให้ดำเนินการ "โครงการกองทุนการศึกษา" โดยมีพระราชประสงค์ให้พัฒนาคุณธรรมและจริยธรรมแก่เด็กนักเรียน รวมทั้งพัฒนาระบบการศึกษาในแนวพระราโชบายที่เน้นความพอเพียง พอประมาณ และสมเหตุสมผล โดยได้พระราชทานเงินส่วนพระองค์เพื่อใช้ในโครงการกองทุนการศึกษานี้ ในการช่วยเหลือสถานศึกษา สนับสนุนเด็กนักเรียนที่ยากจนแต่มีความประพฤติดีให้ได้รับทุกพระราชทาน ได้มีโอกาสทางการศึกษาจนประกอบอาชีพได้ และมุ่งหมายให้โรงเรียนเป็นสถานศึกษาที่ผลิตคนดีมีคุณธรรมและจริยธรรมสู่สังคม สร้างความพร้อมด้านกายภาพให้แก่โรงเรียน สร้างความพร้อมให้ครูในการสอน และสร้างความพร้อมให้นักเรียนตั้งใจศึกษาเล่าเรียน

โดยความร่วมมือในครั้งนี้ มูลนิธิฯ ได้สนับสนุนงบประมาณให้กับ สำนักงานโครงการกองทุนการศึกษา ในการปรับปรุงโรงเรียนในพื้นที่ห่างไกลทุรกันดาร จำนวน 24 โรงเรียน เป็นจำนวนเงินทั้งสิ้น 12,600,000 บาท